L’originaria chiesa parrocchiale apparteneva alla comunità delle Clarisse di S. Maria di Monteluce in S. Erminio. Già presenti dal 1216, le Clarisse si insediarono a Monteluce nel 1218, grazie alla donazione del terreno da parte del nobile perugino Glotto di Monaldo, dando così vita alla più antica comunità di Sorelle Povere di S. Chiara della città. Il monastero ha vissuto un rapporto costante con la città, condividendo gli eventi che ne hanno segnato la storia. È stato anche un centro culturale importante, con uno Scriptorium in cui le Sorelle copiavano e scrivevano libri e breviari. Nel 1910, in seguito alle soppressioni della fine del XIX secolo, furono espropriate del Monastero che divenne il Policlinico S. Maria della Misericordia (ora trasferito) e la Chiesa fu resa parrocchia del quartiere nascente.
Dal 1925, dopo aver vissuto per 15 anni nel Monastero S. Agnese, la comunità si trasferì a S. Erminio, nell’antico monastero dei monaci Silvestrini (1267-1657) poi diventato villa dei Conti Oddi-Baglioni, dove ancora risiede.
La facciata della chiesa, rivestita di formelle marmoree rosa entro riquadrature bianche, risale al 1451. Presenta il portale gemino a sesto circolare ed ha le porte con intagli manieristici del XVI°-XVII° sec. raffiguranti la Madonna, S. Chiara, S. Francesco e S. Bernardino. L’interno ad unica navata ha le pareti decorate da un ciclo con temi francescani che è tra i più importanti del manierismo perugino, eseguito probabilmente tra il 1602 e il 1697. Nell’abside è visibile la tela L'incoronazione della Vergine, copia di Giovanni Silvagni (1831); sostituisce l'opera originaria di Giulio Romano e Giovan Francesco Penni, eseguita a Roma su disegno di Raffaello nel 1524-25, oggi nella pinacoteca Vaticana. Dietro l’abside è l’antico coro delle monache: una sala gotica con affreschi di Scuola umbro-senese del XIV sec.
Festa ricorrente della parrocchia è il 15 agosto, giorno dell’Assunta.