Civitella d'Arna, come il vicino Castel d’Arno, deve le sue origini all'antichissimo popolo degli Umbri; furono poi gli Etruschi, dal V-IV secolo a.C., i principali artefici del suo sviluppo. Nel VI secolo, in età romana, fu sede vescovile e l’epoca coincide con l’inizio del suo declino, dovuto alle lotte tra Bizantini e Longobardi. Solo nel XIII secolo si ebbe una rinascita, quando venne ultimata la costruzione del castello di Civitella d’Arna, iniziato quasi due secoli prima.
Una fortezza fondata sulle mura di antiche cisterne romane, di cui è possibile osservare i resti. Più volte modificato per ospitare i signori locali, i Sozi, i Degli Azzi Vitelleschi, gli Spinola, il castello conserva il bastione di ingresso ed un arco del XIV secolo. Nella cinta esterna, sono ancor oggi visibili dei resti etrusco-romani. Un gran numero di reperti e testimonianze delle epoche passate, rinvenuti nel sito, sono oggi custoditi presso il Museo Archeologico di Perugia.
La chiesa parrocchiale che si trova all'interno del castello, risalente al XIX secolo, conserva al suo interno un gonfalone del 1492 attribuito a Bartolomeo Caporali, oltre a una tavola del pittore perugino Domenico Bruschi, un crocifisso del XIX secolo, una formella di ceramica di Deruta della fine del 1500, un affresco attribuito a Giannicola di Paolo, allievo del Perugino. Ci sono inoltre le tre campane in bronzo, del peso di 536, 264 e 127 kg, realizzate nel 1850, protagoniste di una suggestiva rievocazione storica che ha luogo ogni anno a Civitella d'Arna.