Nasce come Abbazia benedettina, situata in un importante nodo viario, vicina all’altra Abbazia di Santa Maria Valdiponte (Montelabate). La prima documentazione dell'Abbazia si ha nel 1156.
L’Abbazia prosperò fino alla fine del XII sec., come centro di un vasto territorio agricolo denominato ‘Massa d’Arna’, appartenente al Papa. Successivamente nel 1237, a causa della sua decadenza economica, Papa Gregorio IX decise di affidarla all’Ordine militiae Templi in Tuscia, per farne una precettoria agricola (grange), finalizzata alla produzione di risorse per le crociate. La precettoria fu articolata in due domus distinte: la prima mantenne l’originario nome di Giustino; la seconda, fondata a partire dal 1256, fu l’insediamento templare perugino di San Girolamo e San Bevignate.
Salvo qualche periodo in cui tornò sotto l’antica matrice Benedettina, San Giustino rimase precettoria templare fino alla soppressione dell’ordine del tempio nel 1312. Dal 1316 divenne commenda dell’Ordine Ospitaliero di San Giovanni Gerosolimitano, trasformato poi in Sovrano Militare Ordine di Malta, che da sette secoli gestisce il sito, oggi azienda agricola.
Dell’antica Abbazia oggi resta la chiesa a pianta basilicale, ristrutturata nel 1933 e riportata allo stile romanico. L’elemento caratterizzante della chiesa è l’abside, anche se resta incompiuta nella decorazione.
L’interno presenta una navata unica nella parte anteriore e doppia nella zona del Presbiterio. Il soffitto è a capriate lignee.
Il presbiterio rialzato conserva un affresco del XV sec. di Scuola umbra; rappresenta il Martire San Giustino, con la macina al collo con cui si narra che fu annegato.
Si ritiene che la cripta, illuminata da feritoie, sia l’originaria chiesa Benedettina, forse anteriore all’anno mille. Due tozze colonne con capitelli figurati (XI e XII sec.) sorreggono le volte a crociera. Nel fondo, tre absidi: in quella al centro si scorge un affresco trecentesco (1325-30) raffigurante la crocefissione ispirata al Lorenzetti della Basilica Assisiate, di autore ignoto.